Modules

Main modules

  • module_annotations
  • module_data
  • module_datastore
  • module_dicom
  • module_editor
  • module_markups
  • module_models
  • module_sceneviews
  • module_segmentations
  • Segment editor
  • module_transforms
  • module_viewcontrollers
  • module_volumerendering
  • module_volumes
  • module_welcometoslicer

Wizards

  • module_comparevolumes

Informatics

  • module_annotations
  • module_colors
  • module_data
  • module_dicom
  • module_markups
  • module_sampledata
  • module_tables
  • module_terminologies

Registration

  • module_brainsfit
  • module_landmarkregistration
  • module_performmetrictest
  • module_brainsresample
  • module_brainsresize
  • module_transforms
  • Specialized:
    • module_acpctransform
    • module_brainsdemonwarp
    • module_fiducialregistration
    • module_reformat
    • module_vbrainsdemonwarp

Segmentation

  • module_editor
  • module_emsegment
  • module_emsegmentquick
  • Segment editor
  • module_simpleregiongrowingsegmentation
  • Specialized:
    • module_emsegmentcommandline
    • module_brainsroiauto
    • module_robuststatisticssegmenter

Quantification

  • module_dataprobe
  • module_labelstatistics
  • module_brainslabelstats
  • module_petstandarduptakevaluecomputation
  • module_segmentstatistics

Diffusion

  • module_DMRIInstall
  • Import and export:
    • module_DWIConvert
  • Utilities:
    • module_BRAINSDWICleanup
    • module_ResampleDTIVolume
    • module_ResampleScalarVectorDWIVolume

IGT

  • module_OpenIGTLinkIF

Filtering

  • module_N4ITKBiasFieldCorrection
  • module_CheckerBoardFilter
  • module_ExtractSkeleton
  • module_HistogramMatching
  • module_ImageLabelCombine
  • module_SimpleFilters
  • module_ThresholdScalarVolume
  • module_VotingBinaryHoleFillingImageFilter
  • module_IslandRemoval
  • Arithmetic:
    • module_AddScalarVolumes
    • module_CastScalarVolume
    • module_MaskScalarVolume
    • module_MultiplyScalarVolumes
    • module_SubtractScalarVolumes
  • Denoising:
    • module_GradientAnisotropicDiffusion
    • module_CurvatureAnisotropicDiffusion
    • module_GaussianBlurImageFilter
    • module_MedianImageFilter
  • Morphology:
    • module_GrayscaleFillHoleImageFilter
    • module_GrayscaleGrindPeakImageFilter

Surface models

  • module_GrayscaleModelMaker
  • module_LabelMapSmoothing
  • module_MergeModels
  • module_ModelMaker
  • module_ModelToLabelMap
  • module_ProbeVolumeWithModel
  • module_SurfaceToolbox

Converters

  • module_CreateDICOMSeries
  • module_CropVolume
  • module_OrientScalarVolume
  • module_VectorToScalarVolume

Endoscopy

  • module_Endoscopy

Utilities

  • module_BRAINSStripRotation
  • module_DataStore
  • module_DICOMPatcher
  • module_ScreenCapture
  • module_EMSegmentTransformToNewFormat
  • BRAINS:
    • module_BRAINSTransformConvert

Developer Tools

  • module_Cameras
  • module_EventBroker
  • module_ExecutionModelTour
  • module_ExtensionWizard
  • DICOM plugins:
    • module_DICOMDiffusionVolumePlugin
    • module_DICOMScalarVolumePlugin

Legacy

  • Converters:
    • module_BSplineToDeformationField
  • Filtering:
    • module_OtsuThresholdImageFilter
    • module_ResampleScalarVolume
  • Registration:
    • module_ExpertAutomatedRegistration

Testing

  • module_PerformanceTests
  • module_SelfTests

MultiVolume Support

  • module_MultiVolumeImporter
  • module_MultiVolumeExplorer